>まずKTEEsoftwareというキーを何らかの形で作成しておいてから、StockPrice、TodayStockを
>インストすれば、どんな順序でインストしていても、アンインスト時お互いに影響が出ることは
>なさそうです。試してみます。

試してみました。
やはりそのキーを最初に作ったプログラムをアンインストールすると、そのキーの下は削除されてしまうようです。そしてレジストリ・エディタでキーを作っておくとアンインストール時お互いに影響が出ることはありませんでした。

TodayStockのキーを次のバージョンで分ける事にします。Setupプログラムを書くのも良いのですが、既にインストールされている方の手間を考えるとTodayStockを分けるのが簡単に思えますので。。。