まだ少しのテストとその結果からの推察でしかありませんが、どうもWINCEでは

HKCU\Software\KTEEsoftwareで

 KTEEsoftwareというキーを最初に作ったアプリがレジストリ・キーのオーナーになるようです。

つまり、TodayStockをインストしてキー”KTEEsoftware”が出来た場合TodayStockがオーナー。
StockPriceをインストしてキー”KTEEsoftware”が出来た場合StockPriceがオーナー。

キー・オーナーのアプリをアンインストールすると、そのキー以下がすべて失われるように見えます。
そして、後からインストしたアプリをUpgrade Installしようがプログラムの削除で削除しようが、先に
インストールしたアプリのキーに影響はありませんでした。
全バリエーションを試せたわけではありませんが、

CabがEVC++V4のCabWizで作られているいないや、UNICODE値が含まれているいないには
影響がないことが確かめられました。

今の状況に対する解決策としては、多分

まずKTEEsoftwareというキーを何らかの形で作成しておいてから、StockPrice、TodayStockを
インストすれば、どんな順序でインストしていても、アンインスト時お互いに影響が出ることは
なさそうです。試してみます。

でもそうなるとインストーラを作る以外には
簡単にDistribution Kitの形で実現する方法が無い事になるのでしょうか？。。。